土壤是孕育萬物及萬物生長最重要的環境場所，它生產人類生存必須的糧食、纖維和能源。國家的建設發展，經由農業轉變成現今以工商為主，然而整個自然環境受到不同程度的污染，社稷之永續極需土壤環境的人才。土壤與環境科學是一門自然科學，它研究有關土壤與環境方面的基本理論和知識，以增進推展農業、環保、工程、生物技術、地理資訊等的基礎，它亦是一門應用學科，以建立利用與維護此項寶貴資源及環境的各種技術。

本系始於日據時代之農藝化學科，光復後為農業化學系，四十四年成立土壤肥料組，五十八年改為土壤學系，五十九年成立碩士班，七十一年成立博士班，八十四年八月系所合併並改為土壤環境科學系，八十五年度遷入中興湖畔之『農業環境大樓』。


土壤科學的學術領域，已由原本農業生產為主的研究，擴充到含括環境及生態等主題。例如土壤環境及生態評估、土壤污染防治、土壤生態調查及土地利用規劃，這些已不是農業生產為主的土壤範圍，而是與環境

本系研究方向之變遷及邁向二十一世紀，除了迎合當時的潮流及需要外，更前瞻未來，開拓新的研究方向。成立初期以水田為主，光復後日漸重視旱作生產。民國五十一年成立「土壤調查暨試驗中心」，積極推動全省耕地土壤調查及土壤肥料之試驗工作，並協助訓練本省土壤肥料技術人員。嗣配合豆科的推廣研究推展生物肥料加上土壤有機質及植物營養之研究。目前，土地利用與改良、資源保育、農業事業廢棄物處理、農企業資材、土壤污染、灌溉水質、環境生態、保育施肥、園藝作物肥培、生物肥料、精緻農業及有機農業等為當今農業及環境的重要問題。


本系的教學目標乃配合國家需要及迎合國際學術潮流，兼顧基本學理、專業知識及實際，並重視實際操作及田間實際工作之推展，研究領域包括環境化學、環境與生態、環境物理資源、土壤肥力與植物營養、土壤及地下水污染防治、環境資源調查與利用規劃、土壤環境微生物、生化及生物技術等。